エバーノートに保存したいファイルフォーマットにも様々なものがあると思いますが、pdfファイルを特に多く保存しているという方は多いでしょう。
また、この場合、オフイス系ソフトのファイルやWEBサイトのページなどをそのまま即座に保存できるととても便利です。
この保存方法を実現するための方法の1つとして、上記のファイルを開くアプリケーションからの印刷プリンタを直接エバーノート用のフォルダにする保存方法があります。
つまり、エバーノート用のフォルダに対して直接pdfファイルに変換し、格納する、という保存方法になります。
まず専用のツールが必要ですが、WEBにも複数のフリーツールが落ちているようです。
例えばワードの文章を格納する場合、ワードの画面でのプリント先として、エバーノート用のプリンターを指定すれば、エバーノート用のフォルダにpdf変換後に格納され、後はエバーノートに同期をかけるだけで、pdfとして保存することが可能です。
このツールの代表的なものの1つが、PDFCreatorというフリーツールです。
また、日本製ではありませんので、多少日本語化に問題はあるようですが、イメージ先行の使い方をするならば問題ないでしょう。